Dalam akuaponik umumnya tanaman ditanam di dalam media tanam yang terpisah dari tangki ikan. Air dipompa dari tangki ikan ke media tanam  dan dialirkan kembali ke dalam tangki ikan.

Ada tiga sistem dasar media tanam dalam akuaponik.

Media tanam yang diisi kerikil, expanded clay, atau media lain yang mirip adalah bentuk paling sederhana dari akuaponik. Sistem ini dapat dilakukan dengan dua cara. Dengan aliran air terus menerus atau dengan siklus padang surut.

Deep Water Culture adalah salah satu metode yang sering digunakan secara komersial. Air dipompa dari tangki ikan melalui sistem filtrasi. Kemudian air dipompa ke saluran panjang di mana rakit terapung yang diisi dengan tanaman berada permukaan air.

Nutrient Film Technique hanya cocok untuk jenis tanaman tertentu, biasanya sayuran berdaun hijau. Dalam sistem NFT, air yang kaya nutrisi dipompa ke dalam selokan kecil yang tertutup. Air mengalir dalam selokan dalam bentuk aliran yang sangat tipis. Tanaman diletakkan dalam wadah plastik kecil yang memungkinkan akarnya mengakses air.

Salah satu elemen penting untuk sistem akuaponik adalah bakteri menguntungkan. Bakteri ini menguraikan unsur dalam air menjadi bentuk yang dapat diserap dan digunakan oleh tanaman.

Ada dua jenis bakteri yang berbeda yaitu nitrosomonas dan nitrobacter. Nitrosomonas mengubah amoniak menjadi nitrit. Nitrit ini kemudian diubah menjadi Nitrat oleh bakteri Nitrobacter. Tanaman kemudian menyerap nitrat ini untuk pertumbuhannya.

Sumber tulisan dari sini, sini, sini