Dalam akuaponik tanaman ditanam di dalam bedeng tanam (grow bed) yang terpisah dari tangki ikan. Air dipompa dari tangki ikan ke bedeng tanam  dan dialirkan kembali ke dalam tangki ikan.

Ada tiga sistem akuaponik yang paling sering dipakai yang dibedakan berdasarkan  bedeng tanam yang dipergunakan yaitu akuaponik bermedia, aquaponik NFT dan aquaponic DWC (deep water culture) .

Akuaponik bermedia. Media tanam yang dipakai berupa  kerikil,  expanded clay, atau media lain yang mirip. Sistem  adalah bentuk paling sederhana dari akuaponik. Sistem ini paling cocok bagi pemula dalam aquaponik.

Sistem ini terdiri dari dua macam. Yang pertama dengan aliran air terus menerus ke bedeng tanam (grow bed) dengan permukaan air konstan dan yang kedua, air dalam bedeng tanam (grow bed) dibuat  menyerupai siklus padang surut. Keunggulan sistem pasang surut adalah ketersediaan oksigen di akar tanaman lebih terjamin sehingga tanaman lebih sehat dan mengurangi resiko busuk akar.

Gambar Akuaponik Pasang Surut (ebb & flow) Sederhana
1. bak ikan 2. pompa air 3. bak tanam 4. auto siphon 5. media tanam 6. penyangga

Deep Water Culture. Sistem ini adalah salah satu sistem yang sering dipergunakan untuk akuaponic  dengan skala  komersial. Cara kerja sistem ini adalah dengan memompa air dari tangki ikan melalui sistem filtrasi. Kemudian air dipompa ke saluran panjang di mana rakit terapung yang diisi dengan tanaman berada permukaan air.

Nutrient Film Technique.   Sistem ini lebih  cocok untuk jenis tanaman tertentu saja, yaitu  sayuran daun. Dalam sistem NFT, air yang kaya nutrisi dipompa ke dalam selokan kecil yang tertutup. Air mengalir dalam selokan dalam bentuk aliran yang sangat tipis. Tanaman diletakkan dalam wadah plastik kecil yang memungkinkan akarnya menyentuh air.

Salah satu elemen penting untuk sistem akuaponik adalah bakteri menguntungkan. Bakteri ini menguraikan unsur dalam air menjadi bentuk yang dapat diserap dan digunakan oleh tanaman dan menguraikan komponen yang berbahaya bagi ikan.

Ada dua jenis bakteri yang berbeda yaitu nitrosomonas dan nitrobacter. Nitrosomonas mengubah amoniak menjadi nitrit. Nitrit ini kemudian diubah menjadi Nitrat oleh bakteri Nitrobacter. Tanaman kemudian menyerap nitrat ini untuk pertumbuhannya.

Sumber tulisan dari sini, sini, sini